Le Conseil National de la FSU-SNUipp se tient régulièrement avec l'ensemble des représentant·es des sections départementales. Le conseil national de la FSU-SNUipp coordonne et élit l’équipe nationale, assure la continuité stratégique et représentative du syndicat entre les congrès, et participe à la définition des orientations, des actions et de la communication au niveau national.